在弥留之际，依旧忧国忧民，留下亲笔遗嘱“八勿”，阐述复兴之道，足可传世。其中说：
余年已七十有余，一朝怛化，揆诸生寄死归之理，一切无所萦怀，惟我瞻四方，蹙国万里，民穷财尽，实所痛心，生平不喜多言，往日曲突徒薪之谋，国人或不尽省记，今则本识途之验，为将死之鸣，愿我国人静听而力行焉！则余生虽死犹生，九原瞑目矣。国虽微弱，必有复兴直道，亦至简单。
勿因我见而轻起政争，
勿尚空谈而不顾实践，
勿兴不急之务而浪用民财，
勿信过激言行之说而自摇邦本。
讲外交者，勿忘巩固国防；
司教育者，勿忘保存国粹；
治家者，勿弃国有之礼教；
求学者，勿鹜时尚之纷华。
本此八勿，以应万有，所谓自力更生者在此，转弱为强者亦在此矣。余生平不事生产，后人宜体我乐道安贫之意，丧葬力崇节简，殓以居士服，毋以荤腥馈祭。此嘱。
附录：三一八惨案始末
1926年3月12日，冯玉祥的国民军与奉军作战期间守卫在大沽口，遭日军二艘护卫舰炮击，造成死伤十数人，国民军开炮还击将日军逐出大沽口。事后，日军以国民军破坏《辛丑条约》为理由，纠合英美等八国公使向段祺瑞政府发出最后通牒，要求撤除大沽口国防设使，限令二十四小时内答复，否则武力解决。
3月28日国民党北京执行部、中共北方市委、学生联合会等近十个机关团体与80多所学校共约5000多人在天安门广场举行“反对八国最后通牒”的国民示威大会。会后，游行队伍有李大钊率领，来到铁狮子胡同东口，在段祺瑞执政府门前请愿，并推代表与段的卫士长交涉，要求开门放队伍进去，请段祺瑞和国务总理出来见面，段祺瑞命令政府内预伏军警以武力驱散游行队伍，结果造成当场死亡47人，伤200多人的惨剧。死者中包括北大学生刘和珍。
惨案发生后，中国知识界和媒体同仇敌忾，一大批知识界名人纷纷谴责段祺瑞政府，鲁迅先生停止正常创作，一连写了七篇檄文，其中就有著名的《纪念刘和珍君》；《语丝》、《国民新报》、《京报》等报刊也纷纷发表消息和评论，12天内连续发表上百篇文章。
一周后，执政的国务院总辞职，执政的段祺瑞颁布“抚恤令”，在惨案发生后不到一个月内，段祺瑞政府就在全国上下的抗议声中倒台。
段祺瑞在知道政府卫队打死徒手请愿学生后，一声长叹，说：“一世清名毁于一旦”随即赶到现场，面对死者长跪不起，并从此终生食素以示忏悔，既使在后来重病期间，家人劝他开荤以加强营养，他亦严辞拒绝，说：“人可死，荤不可开。”